荧光显微镜在各领域中的应用都非常广泛。荧光显微镜用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等，其使用从行业看主要集中于三个大方面：一是生物科学用显微镜，二是工业用显微镜，三是医疗用显微镜。因此荧光显微镜行业的下游行业主要就是生物科学行业、工业以及医疗行业。
技术研发进展较快
2017年5月，北京大学宣布成功研制新一代微型化双光子荧光显微镜。据悉，新一代微型化双光子荧光显微镜重量仅2.2克，横向分辨率可达到0.65微米，成像质量与商品化大型台式双光子荧光显微镜可相媲美。采用双轴对称高速微机电系统转镜扫描技术，成像帧频已达40HZ（256*256像素），同时具备多区域随机扫描和每秒1万线的线扫描能力。
微型化双光子荧光显微成像改变了在自由活动动物中观察细胞和亚细胞结构的方式，可用于在动物觅食、哺乳、跳台、打斗、嬉戏、睡眠等自然行为条件下，或者在学习前、学习中和学习后，长时程观察神经突触、神经元、神经网络、远程连接的脑区等多尺度、多层次动态变化。
相关成果于2017年5月29日在线发表于自然杂志子刊Nature Methods和Protocol Exchange，已申请多项专利。
2008-2016年，中国荧光显微镜相关专利申请数量呈现波动上升的趋势。2008年，中国荧光显微镜相关专利申请数量为59件；到2016年，我国荧光显微镜相关专利申请数量达到近年来的峰值，为170件，较2008年增长了188.1%。由此可见，我国荧光显微镜研发进展较快。
截至目前，从荧光显微镜相关专利申请者来看，专利申请量排名靠前的申请者为清华大学（26件）、西北农林科技大学（24件）、东南大学（22件）、武汉大学（19件）、浙江大学（18件）等。可见，高校的荧光显微镜研究探索无疑成为我国荧光显微镜领域一大主力军。
市场规模不断扩大
据测算，2011年，我国荧光显微镜行业市场规模为8.5亿元，到2015年增长至26亿元，年平均增长率达到了28.5%。可见，随着国家对仪表仪器产业发展的重视，以及我国在荧光显微镜上技术的提升、品牌的逐渐建立，荧光显微镜行业市场规模不断扩大。
